วิธีการดำเนินงานของมูลนิธิโครงการหลวงเป็นวิธีการดำเนินงานที่ พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร
โปรดเกล้าฯ พระราชทานไว้กับโครงการหลวงดังนี้
1) ลดขั้นตอน หมายถึง ให้กระจายอำนาจ
2) ปิดทองหลังพระ
3) เร็ว ๆ เข้า
4) ช่วยเขาช่วยตัวเอง
แนวทางการดำเนินงานของโครงการหลวงสนองตามพระราชดำริที่ว่า “ช่วยชาวเขาให้ช่วยตนเองในการปลูกพืชที่มีประโยชน์ และมีมาตรฐานความเป็นอยู่ดีขึ้น” ปัจจัยสำคัญประการหนึ่งมีส่วนช่วยให้มูลนิธิฯ สามารถพัฒนาการปลูกพืชชนิดต่าง ๆ ซึ่งเหมาะสมกับสภาพสิ่งแวดล้อมที่หนาวเย็นได้ก็คือ ความร่วมมืออย่างใกล้ชิดระหว่างอาจารย์ นักวิชาการสาขาต่างๆ และเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงานในภาคสนาม การปฏิบัติงานทดลองค้นคว้าในเรื่องใด ๆ ที่มุ่งสนองความต้องการของตลาดเป็นสำคัญ และผลงานวิจัยเหล่านั้นจะถูกถ่ายทอดไปสู่เจ้าหน้าที่สนาม รวมไปถึงเกษตรกรอย่างฉับพลัน ทุกเดือนนักวิจัย นักวิชาการ และเจ้าหน้าที่สนามจะพบปะแลกเปลี่ยนความคิดเห็น เพื่อร่วมวางแผนการปฏิบัติงานและแก้ไขปัญหาต่าง ๆ ที่เกิดขึ้น และที่สำคัญคือเพื่อให้งานวิจัยต่างๆเกิดประโยชน์แก่เกษตรกรมากที่สุด
หม่อมเจ้าภีศเดช รัชนี ทรงกล่าวถึงการดำเนินงานที่ครบวงจร โดยได้นิพนธ์ไว้ในหนังสือ “ประพาสต้นบนดอย” ดังนี้
“ในระยะแรก ถึงแม้เราจะไม่มีพืชใหม่ๆ มาส่งเสริมให้ปลูกตามดอยกันมากนักก็ตาม เราก็พยายามเอาผลการวิจัยมาใช้ให้เป็นประโยชน์ โดยทำสิ่งที่ควรทำให้ครบถ้วนตามขั้นตอน ซึ่งการกระทำเช่นนี้เรียกกันว่า “ครบวงจร”คือ
วงแรก คือ การสำรวจดิน และน้ำ
วงที่สอง คือ การปลูกป่าในที่ที่ควรเป็นป่า ส่วนที่เหมาะแก่การเกษตรก็ต้องทำขั้นบันไดทำทางระบายน้ำ ปลูกหญ้าแฝก สิ่งที่ต้องจัดการต่อ
ไปในวงเดียวกัน คือการชลประทาน ซึ่งบนดอยมักขาดแคลนน้ำ นอกจากนี้เรื่องพื้นฐานที่ต้องดำเนินการต่อในวงนี้คือ การคมนาคม
วงที่สาม คือ การวิจัย ซึ่งจะหยุดไม่ได้ ต้องทำอย่างต่อเนื่อง อันได้แก่การวิจัยพืชเมืองหนาวทุกชนิด เนื่องจากวิธีการปลูกพืชเมืองหนาวเหล่า
นั้นเป็นเรื่องที่ใหม่สำหรับเราคนไทย
วงที่สี่ คือ การส่งเสริมนำผลงานวิจัยไปให้เกษตรกร รวมถึงการอารักขาพืช การพัฒนาคน และการสาธารณสุข เพื่อ “ช่วยเขาช่วยตัวเอง”
วงสุดท้าย คือ การขนส่ง การคัดบรรจุ การเก็บรักษา และการจำหน่าย
พื้นที่ปฏิบัติงานของมูลนิธิโครงการหลวงบนดอย แบ่งตามลักษณะงาน ได้ดังนี้
1. สถานีวิจัย
สถานีวิจัยของโครงการหลวง เน้นการศึกษาวิจัยการปลูกพืชเมืองหนาวชนิดต่าง ๆ รวมทั้งการศึกษาเลี้ยงสัตว์ที่เหมาะสมกับพื้นที่สูง ตลอดจนเป็นสถานที่ให้การอบรมและถ่ายทอดความรู้แก่เจ้าหน้าที่และเกษตรกรในด้านต่างๆ ประกอบด้วยสถานีวิจัย 4 แห่ง ได้แก่
• สถานีเกษตรหลวงอ่างขาง อำเภอฝาง จังหวัดเชียงใหม่
• สถานีเกษตรหลวงอินทนนท์ อำเภอจอมทอง จังหวัดเชียงใหม่
• สถานีเกษตรหลวงปางดะ อำเภอสะเมิง จังหวัดเชียงใหม่
• สถานีวิจัยโครงการหลวงแม่หลอด อำเภอแม่แตง จังหวัดเชียงใหม่
2. ศูนย์พัฒนาโครงการหลวง
ศูนย์พัฒนาโครงการหลวงเป็นพื้นที่ชุมชนที่ตั้งอยู่บนพื้นที่สูงต่าง ๆ ที่ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ดำเนินการพัฒนาชีวิตความเป็นอยู่และฟื้นฟูสภาพป่าต้นน้ำลำธารในช่วงระยะเวลาที่ผ่านมา ปัจจุบันมีทั้งหมด 39 แห่ง ตั้งอยู่ในพื้นที่ 6 จังหวัดภาคเหนือตอนบน ได้แก่ เชียงใหม่ เชียงราย แม่ฮ่องสอน พะเยา ลำพูน และ ตาก